初，弟子不到百人，领地人口不过一百五十万。
到得如今，弟子已有一千两百余，领地横跨三郡，直辖县城一百一十七座，凡人一千八百万。
这一管理制度架构上问题不大，但是总体事务越来越忙，光靠长老和执事已经捉襟见肘、难以应付了。
因此，经云山派长老会讨论决定，扩充管理队伍，至此建司。
云山派最高权力机构仍为长老会，下设八司二部。
八司，为传功司、内务司、经营司、赏善司、罚罪司、监察司、外事司、治安司。
相比于原来的九位长老职能，撤裁了意义不大的“征伐”，只因征伐之事均由掌门和长老会统筹，单独设立一司并无必要。
每司司长由一位云山派长老担任，同时设副司长两名，执事若干。
执事人数，根据该司具体事务的忙碌程度进行核定，经过长老大会讨论通过后确定。
如此一共八位司长，但云山派的长老席位不限于八名。除了八位司长之外，还可按照声名卓著、贡献突出、担当尽责、弟子拥戴的标准，经过长老会投票通过纳入，拥有在长老会上议事谏言、投票表决的权力。
也就是说，司长必须是云山派长老，但云山派长老不见得就是负责具体事务的司长，也可以只担任长老职位，参与门派议事，但不负责具体工作。
同时长老会还设名誉长老席位若干，用来安置云山派发展道路上具有很大功勋的人，享受待遇与长老相同，但没有参政议事的权力。
八司之下，则是功能不同的诸多堂口。
比如，内务司下，就有炼器堂、灵药堂、制符堂、炼丹堂、灵畜堂、灵植堂等等。
这些堂口的主官，便是内务司中的各个执事和云山派的外聘客卿。
二部，为情报部、参谋部。
每部设部长一名，副部长一名，部员若干。
两部部长、副部长、部员人选由长老会议定通过。如部长非长老，则享受长老待遇，可以参加云山派长老会发表意见，但没有表决和选举权。
副部长享受八司副司长待遇，部员待遇由部长、副部长议定后提交长老会讨论通过，标准从高级弟子到执事不等。
情报部除了正式部员外，还设大量的外围
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