必要耗费钱粮养很多官员。朱由检道：
“南京六部事务不多，以后不必要的下属机构就撤了，现在的官员转任后，不用任命官员接任。”
“六部各设司务厅，以正六品主事管辖，负责日常事务。”
“司务厅由尚书直管，根据需要设处。例如吏部的文选司、验封司、稽勋司，在南京事务不多，就在司务厅设文选处、验封处、稽勋处，以正七品知事管辖。”
“唯有考功司，负责考察南京官员，仍旧设司，以正五品郎中管辖。”
“其它各部，同样照此办理。”
这是对南京属官大裁撤、或者说降低级别。群臣要说不心疼是不可能的，毕竟官位少了，官员的竞争压力就更大。
但是要为这个反对皇帝的决定，似乎也犯不着。毕竟南京官员很清闲，事情没有多少。年轻的官员不愿去南京当属官，年长的官员大多位高权重，更不可能去当属官。
所以朱由检这个决定，在群臣的默认下，算是就此通过。
朱由检随即命令北京吏部同样设司务厅，下设编制处，专门负责编制调整事宜。南京吏部司务厅同样设编制处，负责南京衙门编制。
同时，因为北京朝廷被他增设了几个寺，吏部尚书房壮丽询问南京朝廷是否需要增设。
朱由检考虑之后，决定道：
“南京太仆寺，实际作为南方行太仆寺。”
“南京卫尉寺，由南京锦衣卫兼任。”
“南京少府寺，负责南京文思院和龙江提举司、清江提举司等机构，主要负责造船。”
“南京大理寺、太常寺、鸿胪寺、光禄寺、宗正寺，设少卿一人、司务厅主事一人，负责日常事务。司务厅下属是否需要设处，看其职责安排。”
“南京通政司同样只设右通政，设司务厅管辖事务。”
“南京都察院要负责南京衙门监察，以后再具体调整。”
“南京还有什么重要职务？”
房壮丽回道：
“南京国子监，也就是南京太学，多有学子在内。”
“还有提督操江一人，以副、佥都御史为之，领上、下江防之事。”
“提督操江刘志选，劾张国纪以撼中宫，倾摇母后，驱逐戚臣，已被定为逆案第三等。”
这是阉党罪名
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